➢ La chronologie

Enquêtant sur le colonel Hendry et un certain Club des Damnés la CIA découvre l'existence des mutants et entre en contact avec Charles Xavier qui soutient justement sa thèse sur les mutations génétiques en présence de Raven (Mystique) sa sœur adoptive. La piste du Club des Damnés les amène à rencontrer Erik Lehnsherr qui les traque également pour son propre compte.

Une division mutante de la CIA voit le jour et Charles, Erik et Raven recrutent de jeunes mutants à leurs côtés afin de contrer le Club des Damnés qui cherche à manipuler américains et russes pour déclencher une guerre nucléaire qui anéantirait l'humanité, signant l'hégémonie des mutants.

Poussés par les membres du Club des Damnés, les américains déploient leurs missiles en Turquie ce qui légitime l'action russe à affréter un navire de missiles en direction de Cuba. L'arrivée du navire à bon port serait alors synonyme de déclaration de guerre et les deux pays se préparent à une attaque nucléaire.

Séparés de la CIA, les mutants regroupés autour de Charles et Erik font exploser le navire russe avant qu'une guerre n'éclate et révèle aux deux armées l'existence des mutants. Erik, enfin face à face avec le docteur, chef du Club des Damnés, qui l'a torturé dans les camps de concentration, tue ce dernier malgré les supplications de Charles. Les opinions des deux hommes connaissent alors un point de non retour lorsque américains comme russes décident de régler le problème mutant en les éliminant tous. Erik repousse l'attaque, la retournant contre l'envoyeur, échouant au dernier moment alors qu'il se voit contraint de repousser Charles qui cherche à l'empêcher.

L'affaire est étouffée, l'existence des mutants passée sous silence auprès du grand public et eux-mêmes sont divisés. Erik devient Magnéto et avec Mystique ils fonde la Confrérie tandis que Charles Xavier fonde son institut. Les X-men sont nés.

L'institut Charles Xavier n'est plus qu'une ruine et le professeur l'ombre de lui-même. En 10 ans les rêves se sont écroulés, les premiers élèves sont partis et Charles se morfond dans la douleur, Hank étant le seul encore à ses côtés. Magnéto, accusé pour sa part du meurtre du président Kennedy est enfermé sous le Pentagone mais l'arrivée de Wolverine va tout changer. Il remet Charles sur les rails et avec l'aide de Vif argent ils libèrent Magnéto de sa prison dans le but de raisonner Raven. Celle-ci continue à mener une guerre pour les mutants, contre les humains et cherche à tuer le docteur Trask, scientifique en train de mettre au point le projet Sentinelles visant à créer des robots capables de détecter et de tuer les porteurs du gène X.

Elle tente de mener cette mission à bien lors des accords de paix de Paris pour la fin de la guerre au Vietnam mais Magnéto tente alors de l'éliminer, révélant au grand public l'existence des mutants. Cette information précipite finalement la mise en œuvre du projet de Trask, jusqu'alors controversé et le président Nixon donne le feu vert au scientifique pour présenter ses robots à la nation.

Tandis que Mystique poursuit son objectif de tuer Trask, traquée par Charles Xavier, Hank et Wolverine; Magnéto utilise lui les robots du scientifique pour montrer au monde l'étendue du potentiel des mutants. Forçant les robots à se retourner contre les humains en les contrôlant il menace le président et ses proches collaborateurs. Il est arrêté par Mystique qui renonce finalement à tuer le docteur Trask sous l'impulsion de Charles qui lui fait comprendre que son geste vient de sauver le président et de faire de la mutante un héros pour le pays tout entier.

Charles laisse Magnéto s'éloigner de son côté et reforme l'institut pour accueillir de nouveaux mutants et les aider à maîtriser leurs pouvoirs.

Alors que Magnéto vit une vie tranquille en Pologne auprès de sa femme et de sa fille sous une fausse identité et en cachant aux yeux de tous ses pouvoirs, l'institut de Charles Xavier prospère en accueillant de plus en plus de jeunes mutants pour leur apprendre à maîtriser leur don. L'agent de la CIA Moira MacTaggert enquête en Egypte et assiste à la renaissance du premier des mutants, En Sabah Nur, Apocalypse. Son retour au monde occasionne une vague sismique qui ébranle le monde et durant laquelle Magnéto utilise ses pouvoirs pour sauver l'un de ses collègues mineurs. Dénoncé il retrouve sa fille entre les mains de soldats polonais et s'il tente de se rendre sa fille refuse d'être séparée de lui déclenchant son pouvoir de manière incontrôlée ce qui la fera tuée, de même que sa mère. Fou de douleur, Magnéto assassine tous les soldats présents, et compte faire de même avec les mineurs qui l'ont dénoncé avant de voir Apocalypse apparaître.

Ce dernier a entre temps recruté Ororo Munroe, Psylocke et Angel comme cavaliers. Magnéto sera le quatrième et comme pour les trois premiers Apocalypse transcende leurs pouvoirs afin de libérer leur plein potentiel. Averti par Moira d'une part et par Raven de l'autre, Charles tente alors d'entrer en contact avec Erik pour le dissuader, et Apocalypse en profite pour prendre le contrôle du Cerebro et désarmer l'humanité toute entière en envoyant l'entièreté des missiles existant dans l'espace. Havok détruit le Cerebro mais Apocalypse et ses quatre cavaliers se téléportent à l'institut pour enlever Charles. Havok tente de les arrêter mais touche un des réacteurs, provoquant l'explosion de l'académie. L'ensemble des étudiants est alors heureusement sauvé par vif-argent qui venait à la recherche d'informations sur son père, seul Havok échappe au regard de Pietro et décède dans l'explosion.

De retour en Egypte, Apocalypse détruit le Caire pour y construire une pyramide, nécessaire au mécanisme qui lui permettra de transférer son corps dans celui de Charles, gagnant ainsi ses pouvoirs. Magnéto dérègle de son côté le magnétisme terrestre, provoquant des catastrophes à travers le monde. Les X-men tout juste reformés arrivent finalement sur les lieux et Diablo parvient à soustraire Charles Xavier à l'emprise d'Apocalypse en le téléportant. Un combat oppose alors le premier mutant aux x-men et celui-ci est sur le point de gagner, étouffant Mystique, lorsque Magnéto se retourne finalement contre lui. Jean Grey intervient alors et libère le Phénix qui anéantit Apocalypse.